Первые годы независимости Грузии прошли в условиях гражданской войны и межэтнических конфликтах. За восемь месяцев своего правления Гамсахурдия испортил отношения с грузинской интеллигенцией и предпринимателями, а также допустил чрезвычайное обострение отношений с национальными меньшинствами, которое вылилось в грузино-южноосетинский конфликт. 1 сентября сессия Совета народных депутатов Южной Осетии провозгласила Республику Южная Осетия. На следующий день в Тбилиси на проспекте Руставели состоялся митинг Национально-демократической партии Грузии (НДП), на котором выдвигались требования от отставки президента и правительства Грузии до самоликвидации и перевыборов Верховного Совета. Находившиеся на месте ОМОН, открыл огонь, в результате чего ранения получили 6 человек. К 11 сентября требование немедленной отставки Гамсахурдия поддержали лидеры 25 политических партий. В ходе перестрелки в ночь с 4 на 5 октября между военными подразделенимям и оппозицией погибли двое сторонников Гамсахурдия, после чего 8 октября на чрезвычайной сессии парламент Грузии принял резолюцию, в которой эти события были расценены как попытка государственного переворота. Одновременно напряжённые отношения складывались и с Национальной гвардией. Утром 22 декабря части Национальной гвардии под предводительством Тенгиза Китовани и отряды Мхедриони под командованием Джабы Иоселиани подняли в Тбилиси мятеж против Гамсахурдия. Две недели в грузинской столице шла настоящая война с использованием артиллерии и танков. 6 января 1992 года Гамсахурдия и его сторонники покинули бункер Дома правительства, а затем и страну. Тем временем 19 января в Южной Осетии прошёл референдум, в результате которого 98 % проголосовавших высказались за независимость и присоединение к России.

После свержения Гамсахурдии власть в Грузии перешла к Военному Совету, вскоре преобразованному в Государственный Совет (Госсовет) Грузии. 10 марта во главе Госсовета встал бывший Первый Секретарь ЦК Компартии Грузинской ССР Эдуард Шеварднадзе. К моменту его прихода к власти внутриполитическая обстановка в Грузии продолжала оставаться тяжёлой. В севере страны продолжались грузино-осетинские вооружённые столкновения, а на западе шли протесты сторонников свергнутого президента (звиадисты), которые не смирились с его изгнанием. Одновременно накалилась обстановка и в Абхазии. 23 июня абхазская часть Верховного Совета Абхазии аннулировала Конституцию 1978 года и восстановила Конституцию 1925 года. На следующий день в 3 часа утра более ста сторонников Гамсахурдия захватили здание телецентра в Тбилиси, а в 6 часов утра в эфир вышел один из соратников свергнутого президента Вальтер Шургая, который призвал людей собраться возле телецентра и потребовать возвращения Звиада Гамсахурдия. Спустя несколько часов войска окружили телецентр и пошли на штурм, освободив здание и арестовав мятежников. В тот же день Шеварднадзе подписал с российским президентом Борисом Ельциным Сочинское соглашение, завершающие боевые действия в Южной Осетии. В результате Южноосетинской войны Грузия потеряла контроль над 60 % территории региона, а самопровозглашённая Республика Южная Осетия стала де-факто независимым, но непризнанным государством.

В то же время обстановка стала накаляться в Абхазии и в Западной Грузии. Действовавшие в Западной Грузии звиадисты совершали диверсии, взрывы и нападения на представителей власти. 9 июля ими был похищен заместитель премьер-министра и председателя Комиссии по правам человека и межнациональным отношениям Александр Кавсадзе. Собравшийся в столице 25 июля Госсовет признал восстановление абхазской конституции 1925 года не имеющим юридической силы. 12 августа в Абхазию, где звиадисты скрывали заложников, под командованием Тенгиза Китовани двинулись свыше 3 тыс. бойцов Национальной Гвардии. Власти предъявили ультиматум до 9 часов утра 13 августа освободить все лица, «взятые в заложники бандитами, действующими в Западной Грузии». 14 августа в Абхазию вошли отряды Национальной гвардии, где вскоре развернулись военные действия. Отряды Национальной гвардии продвинулись до реки Гумиста, а впоследствии заняли практически всю территорию Абхазии, включая Гагру и Сухуми. К октябрю абхазы перешли к наступательным действиям. 6 октября в ходе боёв под их контроль окончательно перешла Гагра. 11 октября в стране состоялись парламентские выборы, по итогом которых Шеварднадзе был избран председателем Верховного Совета Грузии, набрав 90 % голосов.

27 июля 1993 года после длительных боёв в Сочи было подписано соглашение о временном прекращении огня в Абхазии, в котором Россия выступала в роли гаранта. Однако осложнилась обстановка в Мегрелии, где 28 августа звиадисты захватили ряд населённых пунктов в Мегрелии: Сенаки, Абаша и Хоби. В начале сентября абхазы нарушили перемирие и возобновили наступление на Сухуми. Одновременно звиадисты развернули боевые действия в Западной Грузии. 24 сентября Гамсахурдия вернулся в Западную Грузию и возглавил в Зугдиди так называемое «Правительство в изгнании», поставив целью восстановление законной власти в стране. 27 сентября абхазские войска взяли столицу Абхазии, устроив резню мирного населения, а к 30 сентября абхазские вооружённые формирования вышли к административной границе Абхазии, изгнав грузинские войска. На рассвете 17 октября звиадисты атаковали Самтредиа и спустя несколько часов овладели им, а 19 числа практически без боя заняли Ланчхути. Развивая успех, сторонники Гамсахурдия на следующий день начали массированное наступление на второй по величине город Грузии — Кутаиси, падение которого открывало дорогу на Тбилиси. Сдержав натиск противника под Кутаиси, правительственные войска перешли в наступление и освободили ряд городов в Западной Грузии, захваченных звиадистами. 6 ноября практически без боя пал последний оплот звиадистов — Зугдиди. Остатки сторонников Гамсахурдия рассеялись в лесах Цаленджихского района, а сам свергнутый президент скрылся. 31 декабря Звиад Гамсахурдия погиб при невыясненных обстоятельствах в селе Дзвели Хибула в горной области Самегрело.